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                1. 蛋白質組學

                  北京青蓮百奧生物科技有限公司

                  領跑智慧多組學,助力科研新發現


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                  蛋白質組學,糖基化蛋白質組學,多組學聯合分析
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                  [青蓮干貨] 不編程怎么做生信分析(云平臺篇)

                  2021-08-24 00:00:00

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                  前面兩篇推文小編給大家介紹了不會編程的研究人員也可以通過Excel、文本編輯器和dos腳本命令進行數據處理,完成部分生





                  Excel、文本編輯器和腳本命令等只能完成基礎的生信數據處理,對于更高級的生信分析(如生信特異的火山圖、富集分析的氣泡圖、趨勢分析等)就無能為力了。這些分析目前一般采用R語言實現。

                  雖然現在不少生物學研究人員也逐漸開始學習使用R語言編寫簡單的程序進行數據分析,但在利用R語言進行數據分析的時候,也因為數據格式等問題需要花費不少時間進行前期數據處理等。

                  因此,為了加速生物學科研人員進行數據分析和可視化,我們推出了BioLadder云平臺,使得不會編程或不想編程的研究人員能利用生物學的常用數據格式,必要時進行簡單的編輯,就能直接進行相關的數據分析。





                  BioLadder涵蓋30+模塊



                  BioLadder目前上線了生物學分析最常用的30多個模塊,主要包括以下四類:
                  • 數據可視化:箱線圖,南丁格爾玫瑰圖,韋恩圖,UpSet圖,餅圖,詞云圖,核密度圖,小提琴圖,弦圖等
                  • 組學數據分析:序列的多重比對,表達數據的CV曲線圖,PCA,T-SNE,熱圖,相關性熱圖等,趨勢分析的mFuzz,差異分析的火山圖,富集分析的氣泡圖,修飾位點上下游模體分析的seqLogo,Motif熱圖等
                  • 功能分析:GOPlot,相互作用網絡圖
                  • 數據預處理:長寬表互換等




                  BioLadder的使用方法



                  好了,介紹了那么多,那BioLadder到底該怎么用呢?
                  BioLadder主頁進去后,點擊一鍵作圖即可跳轉到各個分析模塊的頁面,點擊想進行的分析模塊,每個模塊的基本操作都只需要輕松三步就能搞定整個分析過程:
                  1,上傳數據
                  2,調整參數
                  3,提交查看
                  詳細的說明,可以移步到BioLadder的使用教程界面(https://www.bioladder.cn/web/#/pro/help),那里你可以找到更加詳細的幫助文檔。

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                  BioLadder特色展示



                  BioLadder除了功能上提供了目前生物數據分析常用的模塊外,各個模塊在設計的時候也兼顧以下特色:




                  01

                  輕松設置個性化顏色


                  1.配色方案

                  部分模塊,我們預設了像Lancet,JAMA,Nature等期刊常用的顏色方案供您選擇。幫助您畫出絢麗多彩的圖形。


                  2.調色板調色:

                    可彈出調色板,自由方便進行顏色調整。顏色高度自定義。

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                  02

                  人性化幫助


                  常用參數旁邊增加問號懸浮窗。在不理解參數含義和操作方法時,直接把鼠標懸浮到問號上就可以彈出幫助,不需要再翻閱冗長的說明書了。此外還在上傳控件旁邊提供了下載示例,當您不清楚上傳文件的格式時,可以一鍵下載demo數據查看。

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                  03

                  支持常用的生物學數據直接繪圖


                  R語言有些模塊需要特定的輸入格式,我們提供的長寬表互換即是為了滿足R語言的需求進行的一些轉換。為了生物學研究人員的方便,我們在多個模塊內部設置了自動的格式轉換,以方便研究人員直接上傳手上的數據即可進行分析。

                  我們以韋恩圖為例,常規的畫韋恩圖,需要輸入每組的蛋白名稱才能繪圖。如果我們想對一個定量表進行分析,將定量值為0的認為沒有鑒定到,我們需要逐列篩選,貼到網站上畫圖,費時費力。為此我們的韋恩圖模塊除了常規的數據輸入外,還支持直接上傳生物學數據最常見的定量矩陣表的格式,減去了格式轉換的繁瑣。上傳定量表后,程序會自動的將其轉換為韋恩圖的格式,且轉換完的數據支持下載。



                  04

                  下載參數可調,隨意獲取需要的大小、分辨率和格式


                  分析模塊中的主要參數便捷可調,點擊提交后即可得到繪圖結果。繪圖結果可以用右鍵另存,也可以在圖片存盤參數中設置不同的格式和參數下載需要的圖片。









                  我們的初衷是搭建一個專業的生物信息在線分析和可視化平臺,為廣大的科研工作者提供方便、快捷的數據處理、功能分析和可視化作圖服務。目前上線的模塊能完成生物學研究中最常見的分析,對各模塊的精心設計使得研究人員能最方便使用各模塊快速完成數據分析和繪圖。
                  BioLadder是由北京青蓮百奧生物科技有限公司和國家蛋白質科學中心·北京聯合出品。已于8月2日公測上線,免費注冊,注冊后免費使用所有功能。我們歡迎您以任何方式提出您的優化意見,使BioLadder平臺成為廣大科研工作者的生物信息分析平臺!
                  此外,如果您熱衷于生物信息分析或數據可視化,我們歡迎您成為BioLadder的開發者之一,您可以通過關注公眾號與平臺開發者溝通,共同開發出更多好用且好看的可視化工具!BioLadder與您共同成長,陪伴長久,不可或缺。


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                  青蓮百奧可提供一站式蛋白質組學、代謝組學、轉錄組學、多組學聯合分析等科研服務。青蓮百奧在質譜檢測方面項目經驗豐富,擁有國際一流的質譜平臺,海歸坐鎮專業生信分析團隊,助您在科研道路上乘風破浪,沖擊高水平文章。更多技術服務敬請來電咨詢:010-53395839。




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