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                1. 蛋白質組學

                  北京青蓮百奧生物科技有限公司

                  領跑智慧多組學,助力科研新發現


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                  蛋白質組學,糖基化蛋白質組學,多組學聯合分析
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                  北京蛋白質組學 ——[BioLadder云平臺] 不編程怎么畫出最常用的熱圖!

                  2021-11-15 14:04:29

                  大家好!我是BioLadder生物信息在線可視化云平臺的工程師小宇,從今天起我會不定期的在公眾號分享云平臺各個模塊的使用方法及案例,來幫助大家更快熟練的使用云平臺。希望大家多多關注!

                  如果您反饋問題,報告Bug,提出新的需求,請直接在公眾號內發留言給我哦!為感謝您對BioLadder的認可我們還有星爸爸同款收納包相贈哦!小宇先謝謝大家嘍!



                  北京蛋白質組學



                  mini收納包

                  今天我來給大家分享怎樣用BioLadder畫出常用的熱圖!

                  在組學研究的相關文章中,我們常??梢钥吹綗釄D(Heatmap)的展示。這些紅綠相間且色彩變化豐富的熱圖總是能吸引讀者的眼球,從而為文章增添不少亮色。當然,作為嚴謹的科學研究論文,圖表的展示當然不可能僅僅是為了好看。熱圖作為一種對實驗數據及其分析結果的直觀的表達方式,在很多文章中都有著不可或缺的地位。

                  它是一種將規則化矩陣數據轉換成顏色色調的常用的可視化方法,其中每個單元格對應數據的某些屬性,屬性的值通過顏色映射轉換為不同色調并按規則填充單元格。

                  繪圖前數據分析

                  demo數據下載位置:

                  https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/demoData/heatmap.rar

                  熱圖數據

                  數據來源一般是搜庫結果定量表。包含2個維度的數據,一般情況下,每一行是一個基因,每一列是一個樣本。



                  北京蛋白質組學



                  樣本分組數據(可選)

                  行名的名稱和個數要和之前的heatmap數據保持一致,列名為分組名稱,可以包含不止一個分組。




                  北京蛋白質組學



                  基因分組數據(可選)

                  行名的名稱和個數要和之前的熱圖數據保持一致,列名為分組名稱,可以包含不止一個分組。




                  北京蛋白質組學



                  BioLadder生信云平臺怎么畫熱圖

                  不想寫代碼?可以用BioLadder生信云平臺在線繪制熱圖。

                  網址:https://www.bioladder.cn/web/#/chart/6



                  北京蛋白質組學



                  上傳文件

                  選擇上傳的文件類型

                  點擊“選擇”按鈕上傳自己的文件

                  備注:第2,3文件為分組信息,非必選




                  北京蛋白質組學



                  調整參數

                  根據需求調整參數即可

                  ? 對數處理:是否對您的數據進行對數處理

                  ? 歸一化:是否對您的數據進行歸一化。這里可以選擇對數據按行或是按列進行歸一化。

                  ? 顯示行名稱:是否顯示行名,默認顯示。

                  ? 顯示列名稱:是否顯示列名,默認顯示

                  ? 注釋圖例:是否顯示圖例,默認顯示

                  ? 行聚類:是否對行聚類,默認是(注意,當某一行的數據都為空時會自動刪掉此行)

                  ? 列聚類:是否對列聚類,默認是字體大小

                  ? 顏色:選擇熱圖顏色(三個顏色):按照由低到高的順序選擇三個顏色,默認為藍,白,紅。



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                  提交查看

                  上傳完數據,并調好參數后,點擊右上方“提交”按鈕,圖像會出現在左側。如果沒有上傳自己的數據,會使用默認的demo數據繪圖。



                  北京蛋白質組學



                  下載

                  首先,挑選自己想要的格式有png,jpg和pdf供選擇,接著調整圖片的寬,高和分辨率(注:這里的寬高比會反饋到左上的繪圖區),點擊“Download”下載按鈕。




                  北京蛋白質組學



                  熱圖怎么看


                  北京蛋白質組學



                  如圖,就是一副組學研究中熱圖的常用繪制模式,每個小方格表示每個基因在不同樣本中的定量值,其顏色表示該基因表達量大小,表達量越大顏色越深(在這里紅色為高表達,藍色為低表達)。每行表示每個基因在不同樣本中的表達量情況,每列表示每個樣品中所有基因的表達量情況。上方樹形圖表示對來自不同實驗分組的不同樣品的聚類分析結果,左側樹狀圖表示對來自不同樣本的不同基因的聚類分析結果。

                  行名稱,一般為分組名稱

                  列名稱,一般為基因名稱

                  圖例信息,左側是熱圖小方塊的顏色圖例說明,右側為分組信息的圖例說明。

                  列聚類,如果不聚類,排序將保持文件數據的默認方式。從樣本角度講,聚類可以觀察到你采集的不同組別樣本是否被分類到一起了。因為,理論上如果樣本來自于同一個組,其特征應該是相似的,而如果在實際操作中,某一個應該屬于該組的樣本被聚類到別的組了,那就說明這個樣本本身的變異度很高,或者說在之前的樣本采集或者測序過程中出了什么問題。

                  行聚類,如果不聚類,排序將保持文件數據的默認方式。從基因表達角度講,聚類可以觀察到哪些基因群體具有比較一致的表達變化,因為基因的上下游關系一般是連鎖反應的,也就是說一個基因的表達增加可能能夠帶動一系列的基因的表達增加。

                  列分組信息。

                  行分組信息。

                  BioLdder云平臺

                  BioLadder目前上線了生物學分析常用的40多個模塊,主要包括以下四類:

                  數據可視化:箱線圖,南丁格爾玫瑰圖,韋恩圖,UpSet圖,餅圖,詞云圖,核密度圖,小提琴圖,弦圖,柱形圖等

                  組學數據分析:序列的多重比對,表達數據的CV曲線圖,PCA,T-SNE,熱圖,相關性熱圖等,趨勢分析的mFuzz,差異分析的火山圖,富集分析的氣泡圖,修飾位點上下游模體分析的seqLogo,Motif熱圖等

                  功能分析:GO弦圖,相互作用網絡圖,富集分析

                  數據預處理:歸一化,補值,FDR校正,長寬表互換等

                  好了熱圖的繪制就到這里了,后續大家想要了解什么內容可以給我們評論反饋,我們會根據大家的意見持續更新。我們歡迎您以任何方式提出您的優化意見,使BioLadder平臺成為廣大科研工作者的生物信息分析平臺!

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